Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	31963157	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g55480
SBS	Chr1	39361196	G-T	HET
SBS	Chr10	18614263	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34884
SBS	Chr11	13116468	G-A	Homo
SBS	Chr11	13592005	A-G	Homo
SBS	Chr11	15399862	T-C	Homo
SBS	Chr11	16018122	A-G	Homo
SBS	Chr11	26933441	G-A	HET
SBS	Chr12	11592527	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19900
SBS	Chr12	13262122	C-T	HET
SBS	Chr12	24940500	T-C	HET
SBS	Chr12	6580769	A-T	HET
SBS	Chr2	10597444	T-A	HET
SBS	Chr2	12773810	A-G	HET
SBS	Chr2	14408954	C-T	HET
SBS	Chr2	14408955	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g24860
SBS	Chr2	14838526	G-A	HET
SBS	Chr2	15381065	A-G	HET
SBS	Chr3	1572298	G-A	HET
SBS	Chr3	19306197	C-T	HET
SBS	Chr3	33594597	A-T	HET
SBS	Chr3	33977543	A-T	HET
SBS	Chr3	8745693	T-A	HET
SBS	Chr4	10857757	C-T	HET
SBS	Chr4	11948630	G-T	HET
SBS	Chr4	12723246	T-A	HET
SBS	Chr4	7574878	G-A	HET
SBS	Chr5	9644989	C-T	Homo
SBS	Chr5	9647727	C-T	Homo
SBS	Chr6	14750147	G-A	HET
SBS	Chr6	27650393	T-C	Homo
SBS	Chr7	13022192	T-C	HET
SBS	Chr7	13610676	C-T	HET
SBS	Chr7	5246761	G-A	HET
SBS	Chr7	6479877	T-G	HET
SBS	Chr7	6896816	T-A	HET
SBS	Chr8	16785510	C-T	Homo
SBS	Chr8	17404983	G-C	Homo
SBS	Chr8	17982730	G-A	Homo
SBS	Chr9	13162170	T-A	HET
SBS	Chr9	17797789	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	790797	790808	11
Deletion	Chr10	6155273	6155279	6
Deletion	Chr8	6353193	6353194	1
Deletion	Chr8	9402967	9402981	14
Deletion	Chr5	9642285	9642312	27
Deletion	Chr5	10771367	10771369	2
Deletion	Chr3	11705967	11705968	1
Deletion	Chr11	13964342	13964351	9
Deletion	Chr12	15390001	15476000	85999	13
Deletion	Chr12	15493001	15741000	247999	35
Deletion	Chr7	17475817	17475819	2
Deletion	Chr2	20241392	20241393	1
Deletion	Chr2	20697209	20697211	2
Deletion	Chr4	25521780	25521783	3
Deletion	Chr11	27443439	27443440	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	27121678	27121927	250
Insertion	Chr12	7340110	7340110	1
Insertion	Chr4	19378588	19378589	2
Insertion	Chr4	2067626	2067626	1
Insertion	Chr4	8996999	8996999	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	5571952	6064369	2
Inversion	Chr7	5571963	6064368	2
Inversion	Chr8	6747875	6971703
Inversion	Chr3	7774846	7819779	LOC_Os03g14280
Inversion	Chr3	7774849	7819780	LOC_Os03g14280
Inversion	Chr8	26096581	26096966

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	957338	Chr4	2437121	LOC_Os04g05020
Translocation	Chr3	8825037	Chr2	17955708	LOC_Os02g30200
Translocation	Chr8	17927034	Chr5	4458476	2
Translocation	Chr12	20777683	Chr2	7972905

Main menu