Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12698015	T-A	Homo
SBS	Chr1	22054387	C-T	HET
SBS	Chr1	26607648	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g46710
SBS	Chr1	26629602	C-G	HET
SBS	Chr1	33209023	G-A	HET
SBS	Chr1	33670341	G-A	Homo
SBS	Chr1	34411044	T-C	HET
SBS	Chr10	10437348	G-T	HET
SBS	Chr10	11081286	G-T	HET
SBS	Chr10	11081292	G-A	HET
SBS	Chr11	11609269	T-A	HET
SBS	Chr11	13216975	G-T	HET
SBS	Chr11	16991443	G-A	HET
SBS	Chr12	1123610	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g03010
SBS	Chr12	14371991	T-G	Homo
SBS	Chr12	26835019	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g43230
SBS	Chr12	9203871	A-G	Homo
SBS	Chr2	1298553	G-A	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os02g03240
SBS	Chr2	195610	G-A	HET
SBS	Chr2	26224100	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g43450
SBS	Chr2	62408	A-G	HET
SBS	Chr2	7443411	C-A	HET
SBS	Chr2	7561396	A-G	HET
SBS	Chr3	12910957	C-T	Homo
SBS	Chr3	14890437	C-T	HET
SBS	Chr3	30979550	G-A	HET
SBS	Chr3	32774982	A-T	HET
SBS	Chr3	35566492	A-G	HET
SBS	Chr4	1316171	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03150
SBS	Chr4	22271704	T-C	HET
SBS	Chr4	6229400	A-G	HET
SBS	Chr5	17209418	G-T	Homo
SBS	Chr5	17887139	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g30820
SBS	Chr5	60742	T-A	HET
SBS	Chr6	7995358	C-T	HET
SBS	Chr7	28539344	A-T	HET
SBS	Chr7	8333281	G-A	Homo
SBS	Chr8	21577541	T-C	Homo
SBS	Chr8	9657013	G-A	Homo
SBS	Chr9	16089042	G-A	Homo

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2872949	2873059	110
Deletion	Chr2	3239808	3239809	1	LOC_Os02g06500
Deletion	Chr5	4038957	4038958	1	LOC_Os05g07540
Deletion	Chr8	8364104	8364107	3
Deletion	Chr3	11441482	11441486	4
Deletion	Chr10	15485692	15485713	21
Deletion	Chr6	16775155	16775156	1	LOC_Os06g29350
Deletion	Chr5	17450371	17450375	4
Deletion	Chr8	22615788	22615790	2
Deletion	Chr8	25733001	25952000	218999	40
Deletion	Chr6	25809598	25809599	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	21964312	21964312	1
Insertion	Chr3	23143532	23143532	1	LOC_Os03g41624
Insertion	Chr4	11739351	11740244	894
Insertion	Chr4	22679214	22679214	1
Insertion	Chr6	29264180	29264189	10

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	5873066	6203440
Inversion	Chr4	5873068	6203440
Inversion	Chr11	15179079	15181142
Inversion	Chr7	28279324	28524862	LOC_Os07g47300
Inversion	Chr7	28281482	28524868

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	640611	Chr7	28279342	2
Translocation	Chr12	640615	Chr7	28281479	LOC_Os12g02120
Translocation	Chr10	2607824	Chr6	15332763	LOC_Os10g05270
Translocation	Chr10	14701817	Chr7	7408651	LOC_Os07g12900
Translocation	Chr8	16402949	Chr1	17724708
Translocation	Chr6	17847281	Chr3	25571248	LOC_Os03g45290
Translocation	Chr12	25725078	Chr2	15723881	2
Translocation	Chr7	29348830	Chr4	12000	LOC_Os07g49010

Main menu