Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21653585	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g38550
SBS	Chr1	21653586	G-A	HET
SBS	Chr1	37059883	C-T	Homo
SBS	Chr10	22858501	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g42430
SBS	Chr10	643766	C-T	HET
SBS	Chr10	7932276	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g15130
SBS	Chr11	20823864	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35520
SBS	Chr11	8818695	G-T	HET
SBS	Chr12	1483334	C-T	Homo
SBS	Chr12	20267847	G-A	HET
SBS	Chr12	25803536	T-C	HET
SBS	Chr12	26723112	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g43020
SBS	Chr12	9324964	G-A	HET
SBS	Chr2	20269545	G-A	Homo
SBS	Chr2	24514837	C-T	Homo
SBS	Chr2	27066271	A-T	Homo
SBS	Chr2	27066272	A-T	Homo
SBS	Chr2	8078340	G-T	HET
SBS	Chr3	17018920	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g29864
SBS	Chr3	20189375	T-A	HET
SBS	Chr3	30544925	C-T	HET
SBS	Chr4	6287229	C-A	HET
SBS	Chr5	1828366	A-G	HET
SBS	Chr6	14439925	T-A	HET
SBS	Chr6	17332598	A-T	HET
SBS	Chr6	17332610	G-T	HET
SBS	Chr6	28240275	C-A	HET
SBS	Chr6	28308259	G-A	HET
SBS	Chr7	4103219	C-A	HET
SBS	Chr7	4872957	A-T	HET
SBS	Chr8	19718571	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31800
SBS	Chr8	21320859	C-A	HET
SBS	Chr8	26322774	C-T	HET
SBS	Chr9	19220275	G-T	HET
SBS	Chr9	19932428	A-T	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	807001	851000	43999	6
Deletion	Chr7	4864081	4864086	5	LOC_Os07g09280
Deletion	Chr10	6622151	6622160	9
Deletion	Chr8	9241855	9241857	2
Deletion	Chr10	12736903	12736904	1	LOC_Os10g24770
Deletion	Chr7	14847060	14847061	1
Deletion	Chr4	19898186	19898187	1
Deletion	Chr6	22433238	22433239	1
Deletion	Chr1	25247001	25659000	411999	59
Deletion	Chr2	29262121	29262129	8
Deletion	Chr1	40809549	40809551	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	11558331	11558332	2
Insertion	Chr6	3027504	3027507	4
Insertion	Chr9	21263545	21263548	4

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	2611876	3398222	2
Inversion	Chr1	2611886	3398245	2
Inversion	Chr2	31409683	31762021	LOC_Os02g51290
Inversion	Chr2	31409688	31763499	2

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	1384921	Chr2	7913542	2
Translocation	Chr11	5025674	Chr8	3815240
Translocation	Chr12	8376265	Chr3	25764651	LOC_Os12g14650
Translocation	Chr3	16448154	Chr1	25435244
Translocation	Chr8	16637829	Chr6	1224653
Translocation	Chr12	17220116	Chr8	4874715	2
Translocation	Chr6	17270453	Chr2	22539003
Translocation	Chr4	17842819	Chr2	2046095
Translocation	Chr6	17847279	Chr3	25571192	LOC_Os03g45290
Translocation	Chr11	22532956	Chr5	5767113	LOC_Os05g10590
Translocation	Chr7	23434386	Chr4	22167875	LOC_Os07g39110

Main menu