Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4260-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4260-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13115215	C-T	HET
SBS	Chr1	14287249	T-C	HET
SBS	Chr1	24185770	G-A	Homo
SBS	Chr1	25995747	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g45760
SBS	Chr1	27634173	G-T	HET
SBS	Chr1	43165792	G-A	Homo
SBS	Chr10	11334327	G-A	Homo
SBS	Chr10	12561896	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24470
SBS	Chr10	17757627	G-A	HET
SBS	Chr11	14028166	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g24570
SBS	Chr11	15009098	A-G	HET
SBS	Chr12	13338271	C-T	HET
SBS	Chr12	14741163	A-G	HET
SBS	Chr12	15059890	G-A	HET
SBS	Chr12	15059891	C-A	HET
SBS	Chr12	3140886	G-T	HET
SBS	Chr12	331331	G-A	HET
SBS	Chr12	7839997	C-T	HET
SBS	Chr2	21750086	C-A	HET
SBS	Chr2	23554885	A-C	HET
SBS	Chr2	2935455	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g05910
SBS	Chr2	30503967	C-T	HET
SBS	Chr2	34765617	A-G	HET
SBS	Chr2	4221354	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g08030
SBS	Chr3	15896144	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g27730
SBS	Chr3	19263201	G-A	HET
SBS	Chr3	24822020	C-A	HET
SBS	Chr4	12037324	C-T	HET
SBS	Chr4	12830110	C-A	HET
SBS	Chr4	1727869	T-C	HET
SBS	Chr4	30332812	C-T	HET
SBS	Chr4	31334821	A-T	HET
SBS	Chr4	3545381	T-G	Homo
SBS	Chr4	6861955	G-A	HET
SBS	Chr4	7109247	C-T	HET
SBS	Chr4	8028304	G-A	Homo
SBS	Chr4	9716908	T-C	HET
SBS	Chr5	1104597	A-T	HET
SBS	Chr5	28489190	A-T	HET
SBS	Chr5	5271904	A-T	HET
SBS	Chr5	6445651	C-A	HET
SBS	Chr6	104491	G-T	HET
SBS	Chr6	10791241	C-A	HET
SBS	Chr7	16203887	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g27760
SBS	Chr7	17033039	A-G	HET
SBS	Chr7	18696825	G-C	HET
SBS	Chr7	22097591	C-A	HET
SBS	Chr7	28114885	C-A	Homo
SBS	Chr8	16437471	G-A	HET
SBS	Chr8	19231108	A-G	HET
SBS	Chr8	461247	G-A	HET
SBS	Chr8	5218764	C-T	HET
SBS	Chr8	5479074	T-A	HET
SBS	Chr8	7587653	C-T	HET
SBS	Chr9	11231189	T-A	HET
SBS	Chr9	2421493	C-T	HET
SBS	Chr9	7133786	C-T	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	2589564	2589573	9
Deletion	Chr1	2918021	2918029	8
Deletion	Chr5	4619001	4656000	36999	7
Deletion	Chr4	7350903	7350906	3
Deletion	Chr1	7749878	7749890	12	LOC_Os01g13820
Deletion	Chr4	8356901	8356902	1	LOC_Os04g14860
Deletion	Chr8	8554159	8554160	1
Deletion	Chr4	10004121	10004122	1
Deletion	Chr6	11102671	11102683	12
Deletion	Chr12	11550001	11611000	60999	12
Deletion	Chr2	11838718	11838719	1	LOC_Os02g20100
Deletion	Chr11	13650101	13650106	5
Deletion	Chr7	13864187	13864197	10
Deletion	Chr2	29748054	29748061	7
Deletion	Chr4	30473033	30473045	12
Deletion	Chr3	36210464	36210473	9	LOC_Os03g64080
Deletion	Chr1	36981758	36981759	1	LOC_Os01g63750

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	31321024	31321024	1	LOC_Os01g54440
Insertion	Chr10	5091446	5091446	1	LOC_Os10g09440
Insertion	Chr2	6797031	6797052	22

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	29608768	29608965	LOC_Os02g48360

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	9802829	Chr6	7521453
Translocation	Chr12	11615598	Chr8	14455075	2
Translocation	Chr12	11616085	Chr8	14455064	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare