Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4353-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4353-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 71

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17197523	G-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	35190692	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	35555868	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38342486	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	39886717	T-C	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr1	42028501	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	10740889	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3284272	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g06390
SBS	Chr10	659077	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7896117	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8776407	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	20434190	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	23592551	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	5039362	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09580
SBS	Chr2	15125323	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25810
SBS	Chr2	20526845	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34300
SBS	Chr2	28691744	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	31912908	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	31912909	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	10113212	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	13239227	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g22900
SBS	Chr3	1708817	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22001597	G-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	26734498	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	29362221	G-A	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr4	12142165	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	12919458	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21173096	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	2361885	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	23773601	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	25685472	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	26070235	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43980
SBS	Chr4	30611881	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33515887	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	3363888	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33838209	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	5702070	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	7279312	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	8032388	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	15415732	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr5	15655138	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	29342508	A-G	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	14741277	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25200
SBS	Chr6	15626606	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	16369018	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	5274614	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8938825	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15750
SBS	Chr7	10563398	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15156479	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	18620776	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	21940266	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g36660
SBS	Chr7	7825997	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	8145874	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr8	16027131	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g26290
SBS	Chr8	16638133	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17718592	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17719299	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17980502	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	20550625	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	25162438	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	25732827	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	27752008	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27865223	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44260
SBS	Chr8	5219977	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	1952426	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20101828	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21117381	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	22420447	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4105020	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	4826850	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	4827813	T-C	HET	INTRON

Deletions: 35

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1755248	1755268	20
Deletion	Chr5	2963867	2963885	18
Deletion	Chr3	3702827	3702828	1	LOC_Os03g07250
Deletion	Chr5	3833839	3833840	1
Deletion	Chr1	4146450	4146454	4
Deletion	Chr11	5098744	5098817	73
Deletion	Chr12	5351003	5351005	2
Deletion	Chr1	6428083	6428098	15
Deletion	Chr9	7335141	7335239	98
Deletion	Chr9	7946021	7946031	10
Deletion	Chr7	9097579	9097586	7
Deletion	Chr5	9750747	9750748	1
Deletion	Chr12	10241841	10241842	1
Deletion	Chr5	10658557	10658560	3
Deletion	Chr3	10795276	10795277	1
Deletion	Chr11	11336425	11336436	11
Deletion	Chr7	11623766	11623777	11
Deletion	Chr12	12280278	12280287	9
Deletion	Chr10	12797538	12797600	62
Deletion	Chr10	13384828	13384829	1
Deletion	Chr1	13770708	13770763	55
Deletion	Chr1	16323546	16323547	1
Deletion	Chr10	17526473	17526474	1
Deletion	Chr5	18371837	18371838	1
Deletion	Chr12	18402478	18402479	1
Deletion	Chr2	19419067	19419144	77
Deletion	Chr7	21153001	21174000	21000	5
Deletion	Chr11	21457696	21457701	5
Deletion	Chr11	21462437	21462449	12
Deletion	Chr9	21618822	21618824	2
Deletion	Chr11	23677171	23677172	1	LOC_Os11g39730
Deletion	Chr12	24016480	24016482	2
Deletion	Chr4	25970961	25970971	10
Deletion	Chr1	29476577	29476580	3
Deletion	Chr1	40211374	40211375	1	LOC_Os01g69190

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	26358733	26358771	39
Insertion	Chr1	36991263	36991263	1
Insertion	Chr11	19082831	19082836	6
Insertion	Chr11	25120249	25120249	1
Insertion	Chr12	19026685	19026719	35
Insertion	Chr3	14315783	14315783	1
Insertion	Chr4	19254836	19254836	1
Insertion	Chr4	26501103	26501104	2
Insertion	Chr5	15369435	15369435	1
Insertion	Chr6	17372725	17372726	2
Insertion	Chr8	13486000	13486001	2
Insertion	Chr9	2084369	2084370	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr3	1686916	1687082
Inversion	Chr10	2904551	2904685
Inversion	Chr2	20334704	20862010
Inversion	Chr2	20334708	20862029
Inversion	Chr3	28653226	28653481

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	17927239	Chr1	16605896
Translocation	Chr6	24203346	Chr4	18789587
Translocation	Chr6	24203577	Chr4	18789577	LOC_Os06g40590

Main menu

You are here

Search Nipponbare