Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4404-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4404-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10040245	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	10344920	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14087252	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14589392	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g25740
SBS	Chr1	26289232	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40070438	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	42409690	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	43258401	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g74680
SBS	Chr10	11844230	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	22439441	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	13996850	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr11	1625333	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	21118211	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35950
SBS	Chr11	24206034	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8087822	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	8629484	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11984230	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	13597633	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23920
SBS	Chr12	3071589	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	6889486	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	8762333	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21115098	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g35150
SBS	Chr2	24759732	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	34000280	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	5101799	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18810132	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18857548	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19388857	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	4660003	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	5863582	T-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	13536314	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15515476	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	17558282	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30174987	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30851457	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	33916560	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8290485	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	11150425	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	11152626	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g19210
SBS	Chr5	14251929	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17903500	A-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	20864117	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21472612	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	882702	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9919740	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24952450	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	5204985	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	9642443	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11742186	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17460594	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17874789	G-A	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr7	25645252	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	26459527	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4859540	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12649837	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16941012	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	18101090	C-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	376489	376508	19
Deletion	Chr5	448232	448236	4	LOC_Os05g01730
Deletion	Chr3	2222123	2222124	1
Deletion	Chr8	3296137	3296138	1
Deletion	Chr9	3397947	3397956	9
Deletion	Chr7	4700793	4700794	1
Deletion	Chr2	5510934	5510936	2
Deletion	Chr11	6211366	6211440	74
Deletion	Chr9	9777540	9777541	1	LOC_Os09g16000
Deletion	Chr11	12097975	12097978	3
Deletion	Chr6	15479912	15479913	1
Deletion	Chr3	17197960	17197964	4	LOC_Os03g30120
Deletion	Chr8	20017031	20017032	1
Deletion	Chr8	20971340	20971341	1
Deletion	Chr12	22699043	22699044	1
Deletion	Chr11	23923214	23923216	2
Deletion	Chr2	24114509	24114510	1
Deletion	Chr2	24125643	24125730	87
Deletion	Chr7	24971119	24971122	3	LOC_Os07g41670
Deletion	Chr12	26634877	26634878	1
Deletion	Chr7	27751185	27751186	1
Deletion	Chr8	28130340	28130343	3
Deletion	Chr7	29519132	29519133	1
Deletion	Chr1	33858671	33858672	1
Deletion	Chr1	43111697	43111698	1

Insertions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	18987084	18987084	1
Insertion	Chr10	9594315	9594315	1
Insertion	Chr11	369306	369306	1
Insertion	Chr2	27599667	27599667	1
Insertion	Chr2	3546514	3546514	1
Insertion	Chr2	8918038	8918038	1
Insertion	Chr3	24866347	24866349	3	LOC_Os03g44250
Insertion	Chr3	29096730	29096730	1
Insertion	Chr4	19900127	19900128	2
Insertion	Chr4	23184335	23184335	1
Insertion	Chr5	12620954	12620955	2
Insertion	Chr5	2238257	2238257	1
Insertion	Chr5	27594133	27594133	1
Insertion	Chr7	112228	112239	12
Insertion	Chr7	12929411	12929411	1
Insertion	Chr7	1308316	1308327	12
Insertion	Chr7	18067884	18067884	1
Insertion	Chr7	7999282	7999282	1
Insertion	Chr8	9184146	9184148	3
Insertion	Chr9	13057149	13057149	1
Insertion	Chr9	2933246	2933246	1
Insertion	Chr9	3048283	3048284	2
Insertion	Chr9	7385407	7385408	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	77645	77797	LOC_Os01g01150
Inversion	Chr7	596290	596380
Inversion	Chr6	3285979	3286195
Inversion	Chr11	18686936	18687010
Inversion	Chr5	22679791	22679952
Inversion	Chr1	22812530	22812660
Inversion	Chr1	31574610	31574671

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	1383670	Chr4	2484079
Translocation	Chr12	1395251	Chr4	2484081

Main menu

You are here

Search Nipponbare