Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4856-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4856-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 78

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	14459376	C-T	HET
SBS	Chr1	16024082	T-C	HET
SBS	Chr1	16257625	C-T	HET
SBS	Chr1	19221234	A-G	HET
SBS	Chr1	19228943	A-G	HET
SBS	Chr1	19934529	C-T	HET
SBS	Chr1	39326543	C-T	HET
SBS	Chr1	41510038	C-G	HET
SBS	Chr1	41873491	G-T	HOMO
SBS	Chr10	13912910	G-A	HET
SBS	Chr10	2184019	G-A	HET
SBS	Chr10	5777679	G-A	HET
SBS	Chr11	16218921	G-A	HOMO
SBS	Chr11	2812897	C-A	HET
SBS	Chr12	11815189	T-A	HET
SBS	Chr12	11815193	T-A	HET
SBS	Chr12	14767844	T-C	HET
SBS	Chr12	16835975	C-T	HET	LOC_Os12g28490
SBS	Chr12	25528032	T-A	HOMO
SBS	Chr12	25907977	G-A	HET
SBS	Chr12	4075812	C-T	HET
SBS	Chr2	1803024	C-A	HET
SBS	Chr2	242780	C-A	HET
SBS	Chr2	27519849	G-T	HET
SBS	Chr2	33086741	A-G	HET
SBS	Chr2	35267386	A-C	HET
SBS	Chr2	5259223	G-A	HET
SBS	Chr2	6514272	C-T	HET
SBS	Chr3	27646308	G-A	HET
SBS	Chr3	451198	A-T	HET
SBS	Chr3	6606134	C-T	HET	LOC_Os03g12490
SBS	Chr4	1739195	C-A	HET	LOC_Os04g03850
SBS	Chr4	1748098	T-A	HET
SBS	Chr4	17563680	G-T	HET
SBS	Chr4	22278621	G-A	HET
SBS	Chr4	26847581	C-T	HET
SBS	Chr4	27029658	T-C	HET
SBS	Chr4	6408683	C-T	HET
SBS	Chr4	8539551	T-C	HET
SBS	Chr5	16264392	C-T	HOMO
SBS	Chr5	16264415	G-T	HOMO
SBS	Chr5	1745629	C-T	HOMO	LOC_Os05g03910
SBS	Chr5	17466139	C-T	HET
SBS	Chr5	20214441	C-T	HOMO
SBS	Chr5	20214442	G-T	HOMO
SBS	Chr5	20561364	C-T	HET
SBS	Chr5	24448941	C-A	HOMO
SBS	Chr5	26006120	G-T	HET
SBS	Chr5	5379369	C-T	HOMO
SBS	Chr5	765185	G-A	HET
SBS	Chr6	11800027	G-T	HET
SBS	Chr6	11800028	G-T	HET
SBS	Chr6	13644342	T-A	HET
SBS	Chr6	15569340	C-T	HET	LOC_Os06g27500
SBS	Chr6	25910623	G-A	HET
SBS	Chr6	8156811	C-A	HET	LOC_Os06g14510
SBS	Chr7	21047807	G-A	HET
SBS	Chr7	25008596	C-T	HOMO
SBS	Chr7	25391100	C-T	HET
SBS	Chr7	25947886	G-A	HET
SBS	Chr7	25947887	G-A	HET	LOC_Os07g43350
SBS	Chr7	9208078	C-T	HET
SBS	Chr8	12692341	C-A	HET
SBS	Chr8	1544448	C-T	HET	LOC_Os08g03330
SBS	Chr8	21108812	T-A	HET
SBS	Chr8	21249248	G-A	HET
SBS	Chr8	219977	G-A	HET
SBS	Chr8	27848783	C-T	HOMO
SBS	Chr8	7603220	A-G	HET
SBS	Chr8	8874785	C-T	HET	LOC_Os08g14760
SBS	Chr9	15307365	C-G	HOMO
SBS	Chr9	16907076	G-T	HET
SBS	Chr9	188393	C-T	HET
SBS	Chr9	20733676	A-T	HET
SBS	Chr9	20820690	T-C	HET
SBS	Chr9	21262441	T-C	HET
SBS	Chr9	7110912	A-C	HET
SBS	Chr9	8966536	T-G	HET

Deletions: 30

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	1504001	1760000	256000	37
Deletion	Chr1	2838437	2838437	1
Deletion	Chr1	3118600	3118600	1
Deletion	Chr7	3614704	3614705	2
Deletion	Chr3	4823278	4823278	1
Deletion	Chr4	5406805	5406805	1
Deletion	Chr5	6055432	6055432	1
Deletion	Chr5	6332703	6332703	1
Deletion	Chr5	6464778	6464795	18
Deletion	Chr7	8984896	8984896	1
Deletion	Chr5	9730762	9730789	28
Deletion	Chr4	9865346	9865347	2	LOC_Os04g17940
Deletion	Chr12	13724499	13724501	3	LOC_Os12g24120
Deletion	Chr2	14551389	14551392	4
Deletion	Chr10	15546224	15546224	1
Deletion	Chr4	17875735	17875763	29
Deletion	Chr9	18303170	18303170	1
Deletion	Chr12	20719082	20719082	1
Deletion	Chr7	21390174	21390174	1	LOC_Os07g35710
Deletion	Chr11	21531606	21531608	3
Deletion	Chr4	21536977	21537006	30
Deletion	Chr1	21619219	21619227	9
Deletion	Chr10	21963548	21963548	1
Deletion	Chr5	22143110	22143110	1
Deletion	Chr3	26286924	26286925	2	LOC_Os03g46470
Deletion	Chr6	27095370	27095370	1
Deletion	Chr11	27340547	27340547	1
Deletion	Chr4	31842454	31842545	92
Deletion	Chr4	34436001	34500000	64000	8
Deletion	Chr1	42120284	42120284	1

Insertions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	18682165	18682165	1
Insertion	Chr1	24878683	24878683	1
Insertion	Chr1	37492112	37492115	4	LOC_Os01g64600
Insertion	Chr10	7921082	7921082	1
Insertion	Chr11	10895601	10895601	1
Insertion	Chr11	27121482	27121484	3
Insertion	Chr11	8967508	8967508	1
Insertion	Chr12	25725438	25725529	92
Insertion	Chr2	26793248	26793253	6
Insertion	Chr2	34287786	34287789	4
Insertion	Chr2	9794742	9794749	8
Insertion	Chr3	18346091	18346091	1
Insertion	Chr3	32604039	32604039	1
Insertion	Chr3	36068815	36068816	2
Insertion	Chr4	18856459	18856459	1
Insertion	Chr6	10986230	10986230	1
Insertion	Chr7	15098712	15098712	1
Insertion	Chr8	11741992	11741992	1
Insertion	Chr8	12633204	12633204	1
Insertion	Chr8	13399329	13399391	63
Insertion	Chr8	18313738	18313738	1
Insertion	Chr8	20244060	20244186	127
Insertion	Chr8	2707618	2707618	1
Insertion	Chr9	18068643	18068643	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	1503701	2283589	LOC_Os05g03550
Inversion	Chr5	1760460	2283592
Inversion	Chr12	10821413	10821613
Inversion	Chr6	13725191	14322990	LOC_Os06g23530
Inversion	Chr1	22497554	22497792
Inversion	Chr1	36715247	36783420

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr6	9288149	Chr1	15864273
Translocation	Chr7	12624715	Chr4	8108326
Translocation	Chr7	12625129	Chr4	8116302
Translocation	Chr5	28956608	Chr1	2574892
Translocation	Chr5	28956615	Chr1	2574898

Main menu

You are here

Search Nipponbare