Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN620-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN620-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10636611	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	11359424	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	18906859	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	41727195	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10115465	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10115466	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30637734	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	24421306	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	24900208	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	7782454	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13930
SBS	Chr4	8224758	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	8224760	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	13272462	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13281011	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	14852637	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g25630
SBS	Chr4	18805512	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20291590	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1917247	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1917248	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13920627	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	9815939	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	13121216	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24496115	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	400937	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14515699	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	19414380	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7156399	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12140
SBS	Chr8	11442254	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	26389584	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	2889146	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	4812695	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15503344	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	15509014	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20338033	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	1538854	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8347260	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8526813	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	17475354	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	19781574	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	22547112	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	2383063	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	6948487	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9036015	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g15850
SBS	Chr12	9477672	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	14970991	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15722388	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr12	16695549	A-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 29

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	910959	912341	1382
Deletion	Chr12	1110001	1440000	330000	58
Deletion	Chr6	2516831	2516832	1
Deletion	Chr10	4655410	4655412	2
Deletion	Chr10	7299202	7299209	7
Deletion	Chr11	7978609	7978611	2
Deletion	Chr3	8188400	8188401	1
Deletion	Chr12	8908849	8908875	26
Deletion	Chr6	10129001	10140000	11000	3
Deletion	Chr3	11617468	11617469	1
Deletion	Chr5	12345929	12345952	23
Deletion	Chr9	13169499	13169500	1
Deletion	Chr3	13905928	13905929	1	LOC_Os03g24410
Deletion	Chr5	14448570	14448574	4
Deletion	Chr7	14515702	14515705	3
Deletion	Chr1	14667206	14667214	8	LOC_Os01g25860
Deletion	Chr11	14707582	14707583	1
Deletion	Chr10	17851231	17851241	10	LOC_Os10g33760
Deletion	Chr1	18456554	18456570	16
Deletion	Chr1	18918164	18918175	11
Deletion	Chr1	19431993	19431998	5	LOC_Os01g35090
Deletion	Chr3	19823641	19823645	4
Deletion	Chr10	20056173	20056174	1
Deletion	Chr6	23019948	23019949	1	LOC_Os06g38780
Deletion	Chr6	23298482	23298485	3
Deletion	Chr3	27219384	27219388	4
Deletion	Chr1	29739083	29739097	14
Deletion	Chr4	33152051	33152065	14	LOC_Os04g55700
Deletion	Chr3	34524547	34524552	5	LOC_Os03g60730

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	22164614	22164614	1	LOC_Os11g37540
Insertion	Chr11	9613216	9613217	2
Insertion	Chr12	3632266	3632267	2
Insertion	Chr11	24415987	24415998	12
Insertion	Chr1	2233149	2233152	4
Insertion	Chr5	21765747	21765750	4
Insertion	Chr2	7763376	7763377	2
Insertion	Chr9	11029944	11029944	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	10546516	14986716	LOC_Os05g18294
Inversion	Chr5	10546529	14986724	LOC_Os05g18294
Inversion	Chr10	14834707	16345659	LOC_Os10g28510
Inversion	Chr10	14834720	16345693	LOC_Os10g28510
Inversion	Chr10	17185849	17487688	LOC_Os10g33290
Inversion	Chr3	24570278	24745233	LOC_Os03g44020

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3750283	Chr5	912310
Translocation	Chr7	3750307	Chr5	910968

Main menu

You are here

Search Results