Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN793-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN793-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11205	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	11206	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	14710187	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27799765	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	27992380	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27992381	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27992382	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36741869	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	38500802	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	13397231	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	17016467	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	17016468	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	22733649	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	4652206	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4824945	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g08920
SBS	Chr11	13192141	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	14285830	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	8376242	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8528198	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11445167	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	17548038	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	2941501	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	4910358	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	13147552	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g22090
SBS	Chr2	14449446	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32786252	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6499624	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	24109654	C-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g43230
SBS	Chr4	20180673	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23793538	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	27920078	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	29797963	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	29797964	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	31334821	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	2053223	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	15004165	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	28197154	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30963440	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	29058930	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24642943	C-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g38980
SBS	Chr8	24655297	A-C	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	339992	340002	10
Deletion	Chr1	844584	844587	3
Deletion	Chr6	10197252	10197254	2
Deletion	Chr2	20987001	20997000	10000	2
Deletion	Chr5	22112487	22112490	3
Deletion	Chr5	22520001	22589000	69000	11
Deletion	Chr8	26347608	26347609	1
Deletion	Chr2	26627466	26627474	8	LOC_Os02g44102

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	28956829	28956830	2	LOC_Os01g50440
Insertion	Chr7	19528897	19528898	2

No Inversion

No Translocation

Main menu