Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12628498	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	23365426	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g41290
SBS	Chr1	3770057	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	15096452	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	27125596	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	17201164	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	3467635	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9714669	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	12561955	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15814672	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26920
SBS	Chr2	22518356	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	16976442	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22345216	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30520271	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	5702790	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	5702791	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	9715336	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	10313341	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	13602641	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	22661385	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g38070
SBS	Chr4	34102259	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g57260
SBS	Chr4	34819995	G-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr5	20039894	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15366161	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	21312102	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23360705	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23360724	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	28198265	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	12403222	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8372990	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	11585700	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	23802984	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	2724706	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	2724710	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	5626732	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	5681750	T-G	HET	INTRON

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1247230	1247231	1
Deletion	Chr6	2265183	2265192	9
Deletion	Chr10	2768327	2768330	3
Deletion	Chr2	4213014	4213029	15
Deletion	Chr3	7066601	7066621	20	LOC_Os03g13070
Deletion	Chr6	7155815	7155816	1
Deletion	Chr3	9251383	9251389	6
Deletion	Chr5	9563001	10086000	523000	73
Deletion	Chr4	10002909	10002921	12
Deletion	Chr5	10088001	10132000	44000	5
Deletion	Chr8	14240717	14240721	4
Deletion	Chr1	15189599	15189600	1
Deletion	Chr2	15897344	15897345	1
Deletion	Chr10	19469395	19469396	1
Deletion	Chr5	20042001	20097000	55000	7
Deletion	Chr11	21391082	21391083	1
Deletion	Chr6	26384584	26384588	4
Deletion	Chr4	28005823	28005826	3
Deletion	Chr1	42541231	42541232	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	11768578	11768579	2
Insertion	Chr1	2549378	2549399	22
Insertion	Chr4	15308842	15308842	1
Insertion	Chr9	12634740	12634740	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	19962905	20041656	LOC_Os05g33840
Inversion	Chr3	20999224	22440077
Inversion	Chr8	22847353	23166335

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	3129575	Chr6	18189891
Translocation	Chr3	15238101	Chr2	3401782
Translocation	Chr4	20071155	Chr2	32911389	LOC_Os02g53740
Translocation	Chr4	20084957	Chr2	32911139	2

Main menu