Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	22875625	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	23678144	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36473766	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36473767	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11730512	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	15198338	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	15198339	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	15239137	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	2139977	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4455576	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6088072	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23091084	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g38820
SBS	Chr11	23093506	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g38820
SBS	Chr2	10199560	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	11385050	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	22778610	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	1838424	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04030
SBS	Chr4	1314852	C-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	13961398	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15325223	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g26290
SBS	Chr4	16021776	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1605980	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	19045630	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	29584482	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49610
SBS	Chr4	5386498	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	10001411	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20369899	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20593097	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20593098	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14193635	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	20211010	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	25778143	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	9597583	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	3165467	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	21969501	T-C	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	16955399	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	268588	268590	2
Deletion	Chr11	10733491	10733493	2
Deletion	Chr11	14092001	14619000	527000	82
Deletion	Chr4	21247690	21247708	18
Deletion	Chr4	21872576	21872577	1
Deletion	Chr1	30856505	30856506	1

No Insertion

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	15933534	16794180	LOC_Os09g26380
Inversion	Chr9	16383796	16794171
Inversion	Chr9	16491585	17758227	2
Inversion	Chr1	37565278	37746599	LOC_Os01g65030

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	28280604	Chr3	7009496

Main menu