Search Results

Mutant Information

Mutant Name	W466-5-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download W466-5-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	184141	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	8952929	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	17000111	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	17691931	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g32270
SBS	Chr1	39831717	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	2771198	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12594193	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	15728665	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	23029100	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	3329604	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	5127730	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	8735044	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g15830
SBS	Chr3	19447648	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g34140
SBS	Chr3	26596297	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28043010	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	32892460	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	34803290	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	35772349	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	4021509	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13341492	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26555358	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	27539425	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	3144309	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	7320768	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	8984856	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	18785684	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	28712132	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	21940000	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	24262942	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	365891	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11805275	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	899711	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15417680	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	15753733	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	21970992	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4172622	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4823527	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	4975088	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	7144424	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g12480
SBS	Chr9	15244669	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	19009755	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	19009756	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11108710	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	17933749	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	710052	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	11642319	G-A	HOMO	STOP_GAINED	LOC_Os11g20150
SBS	Chr11	24758019	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	24850558	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	25324961	T-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g42070
SBS	Chr11	26194335	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	6819187	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g12380

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	2693026	2693054	28
Deletion	Chr9	7144388	7144391	3
Deletion	Chr1	7769217	7769227	10
Deletion	Chr3	8008256	8008257	1	LOC_Os03g14720
Deletion	Chr4	8370912	8370913	1
Deletion	Chr9	9293704	9293717	13
Deletion	Chr3	10983944	10983948	4
Deletion	Chr3	11440322	11440323	1
Deletion	Chr3	12175153	12175174	21
Deletion	Chr2	14306759	14306793	34	LOC_Os02g24660
Deletion	Chr3	15485758	15485769	11
Deletion	Chr8	15792001	15805000	13000	2
Deletion	Chr4	29499805	29499813	8
Deletion	Chr3	36342629	36342638	9

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	14059297	14059297	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	15722037	15778992

No Translocation

Main menu

You are here

Search Results