Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	W470-2-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download W470-2-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 63

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13763426	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	20139984	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	29344350	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	41534780	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	42671776	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	7835814	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	18164434	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8146251	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	11983875	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21774717	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	23406393	A-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	13704278	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	23348223	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g38630
SBS	Chr2	31547149	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31547225	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	4847279	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	5394698	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7794668	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7794717	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	13468724	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g23760
SBS	Chr3	19567133	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	32195115	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	33119600	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	4034753	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	487107	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	15265140	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26180
SBS	Chr4	15268784	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16395613	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	24999518	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	2950394	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	35370524	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	4527400	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8422541	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14990
SBS	Chr5	11519554	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1165105	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1301611	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	2601687	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	26929223	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29956876	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	3387949	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9847410	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	10620041	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g18730
SBS	Chr6	1815869	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	19595597	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	27682383	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	29094575	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48080
SBS	Chr6	30436203	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	7483762	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	12421380	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	20783800	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	21444090	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g35810
SBS	Chr7	21856441	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g36560
SBS	Chr7	22010689	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	26268419	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr7	6514997	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7828659	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	13777220	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	19856609	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7616356	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	16642829	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3281137	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	3875475	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07680
SBS	Chr9	6889832	C-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g12190

Deletions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	3854189	3854190	1
Deletion	Chr7	5093824	5093825	1
Deletion	Chr1	5453365	5453368	3
Deletion	Chr10	10956592	10956595	3	LOC_Os10g21400
Deletion	Chr3	13158448	13158453	5
Deletion	Chr6	21360252	21360254	2

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	14224874	14224876	3

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	8533401	8545150
Inversion	Chr4	9598154	16329056	LOC_Os04g27610
Inversion	Chr2	10297557	33235329
Inversion	Chr4	11672235	30743435
Inversion	Chr12	13357364	13411412
Inversion	Chr2	13634083	13704768
Inversion	Chr1	22587319	39117896

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	19991105	Chr4	10253749	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare