Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2209-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2209-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	4151363	C-A	HET
SBS	Chr1	5459181	A-G	HET
SBS	Chr1	10995661	A-G	HET
SBS	Chr1	21738075	C-A	Homo
SBS	Chr1	33387095	G-A	HET
SBS	Chr1	38376929	T-C	Homo
SBS	Chr1	38798575	A-T	HET
SBS	Chr1	38808240	G-A	Homo
SBS	Chr2	3386552	C-T	Homo
SBS	Chr2	5909318	C-A	Homo
SBS	Chr2	12543034	C-A	HET
SBS	Chr2	15895434	A-C	Homo
SBS	Chr2	19517941	C-T	Homo
SBS	Chr3	4316404	T-A	HET
SBS	Chr3	19417079	G-T	HET
SBS	Chr3	19668254	C-T	HET
SBS	Chr3	23348111	G-T	HET
SBS	Chr3	26735183	C-A	HET
SBS	Chr4	8405847	C-T	HET
SBS	Chr4	12708259	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22440
SBS	Chr4	26083548	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g44000
SBS	Chr4	29680520	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g49780
SBS	Chr4	32393149	C-A	HET
SBS	Chr5	1912532	C-T	HET
SBS	Chr5	10533954	C-A	HET
SBS	Chr5	13517100	T-C	Homo
SBS	Chr5	25137125	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g43220
SBS	Chr6	9199565	A-G	HET
SBS	Chr6	10670143	C-T	Homo
SBS	Chr6	14301737	A-G	Homo
SBS	Chr6	23724194	T-A	Homo
SBS	Chr6	26492006	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g43980
SBS	Chr7	2246904	A-G	HET
SBS	Chr7	7074701	C-G	HET
SBS	Chr7	14220447	T-C	HET
SBS	Chr8	15959031	C-T	Homo
SBS	Chr8	17417219	C-A	HET
SBS	Chr9	7108162	C-A	HET
SBS	Chr9	10258671	C-A	HET
SBS	Chr10	7858941	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g15010
SBS	Chr10	22905633	G-T	Homo
SBS	Chr11	2667814	T-A	HET
SBS	Chr11	7727635	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g13960
SBS	Chr11	8498812	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15100
SBS	Chr11	9810348	A-G	HET
SBS	Chr11	13979725	G-A	HET
SBS	Chr11	16082997	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g27960
SBS	Chr11	16689640	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g28790
SBS	Chr12	12527777	C-A	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	14857	14859	2
Deletion	Chr1	124172	124177	5	LOC_Os01g01260
Deletion	Chr3	2688492	2688502	10
Deletion	Chr5	3328649	3328652	3
Deletion	Chr9	5716001	5776000	59999	12
Deletion	Chr4	9088817	9088819	2
Deletion	Chr8	12650272	12650278	6	LOC_Os08g21180
Deletion	Chr2	15254096	15254099	3	LOC_Os02g25970
Deletion	Chr8	16264001	16303000	38999	8
Deletion	Chr2	17584129	17584142	13
Deletion	Chr2	22391340	22391342	2
Deletion	Chr8	22650784	22650785	1	LOC_Os08g35910
Deletion	Chr1	25554691	25554700	9
Deletion	Chr4	26560001	26798000	237999	45
Deletion	Chr7	27522146	27522272	126
Deletion	Chr8	27732747	27732748	1
Deletion	Chr4	32480006	32480009	3
Deletion	Chr1	36199299	36199301	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	8776201	8776202	2
Insertion	Chr10	8667874	8667874	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	5529804	6485761

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	14078239	Chr8	10124050	2

Main menu