Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2218-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2218-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 80

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15313985	C-A	HET
SBS	Chr1	19804448	G-A	HET
SBS	Chr1	21032026	T-C	HET
SBS	Chr1	28587182	T-C	HET
SBS	Chr1	4705422	T-C	HET
SBS	Chr10	10420633	G-A	HET
SBS	Chr10	8736002	G-C	HET
SBS	Chr11	16615087	A-G	Homo
SBS	Chr11	17542950	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os11g30170
SBS	Chr11	8606648	G-A	HET
SBS	Chr12	15102254	C-T	HET
SBS	Chr12	2085048	G-T	HET
SBS	Chr2	10295661	C-A	HET
SBS	Chr2	10757896	C-T	HET
SBS	Chr2	17498659	T-A	HET
SBS	Chr2	20024278	G-A	HET
SBS	Chr2	21888499	G-A	HET
SBS	Chr2	26053156	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g43250
SBS	Chr2	28603349	C-T	HET
SBS	Chr3	15543432	C-A	HET
SBS	Chr3	2139620	A-G	Homo
SBS	Chr3	22093628	G-C	Homo
SBS	Chr3	22093632	A-T	Homo
SBS	Chr3	31597914	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g55530
SBS	Chr3	35777781	A-T	HET
SBS	Chr3	412942	A-T	Homo
SBS	Chr3	5355301	G-A	HET
SBS	Chr4	16909327	G-T	HET
SBS	Chr4	16914119	G-T	HET
SBS	Chr4	18764248	C-T	HET
SBS	Chr4	19848142	C-G	HET
SBS	Chr4	20830707	T-C	HET
SBS	Chr4	25441191	C-T	HET
SBS	Chr4	27356244	T-A	HET
SBS	Chr4	28445423	T-C	HET
SBS	Chr4	29763956	C-A	HET
SBS	Chr5	14050171	A-G	Homo
SBS	Chr5	1761646	C-T	HET
SBS	Chr5	4286656	G-T	HET
SBS	Chr5	9354726	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16480
SBS	Chr6	1177122	G-A	HET
SBS	Chr6	1177129	G-A	HET
SBS	Chr6	13886017	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g23770
SBS	Chr6	15912545	C-T	Homo
SBS	Chr6	21171252	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g36170
SBS	Chr6	23307621	G-T	HET
SBS	Chr6	23834322	C-A	HET
SBS	Chr6	25220246	T-C	HET
SBS	Chr6	29683841	G-T	HET
SBS	Chr6	702389	G-T	HET
SBS	Chr7	14573845	A-G	HET
SBS	Chr7	14615977	A-C	HET
SBS	Chr7	20453759	A-T	Homo
SBS	Chr7	2377677	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g05270
SBS	Chr7	25844572	A-T	HET
SBS	Chr7	26197324	C-T	Homo
SBS	Chr7	26790483	C-T	HET
SBS	Chr7	27576931	A-T	HET
SBS	Chr7	28697034	A-G	HET
SBS	Chr7	28805464	G-A	HET
SBS	Chr7	28956813	C-T	HET
SBS	Chr7	29495158	C-T	HET
SBS	Chr7	6407089	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11610
SBS	Chr7	6564155	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11860
SBS	Chr7	7075868	T-A	HET
SBS	Chr7	7075881	T-A	HET
SBS	Chr7	8653587	C-G	HET
SBS	Chr7	9481352	G-T	HET
SBS	Chr7	9944147	G-A	HET
SBS	Chr7	9944834	G-T	HET
SBS	Chr8	10084903	C-A	Homo
SBS	Chr8	16143536	T-A	Homo
SBS	Chr8	19239322	C-A	HET
SBS	Chr8	19624639	C-T	Homo
SBS	Chr8	3763188	C-A	HET
SBS	Chr8	7182772	C-A	HET
SBS	Chr8	8144557	G-A	HET
SBS	Chr9	11219819	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g18280
SBS	Chr9	4770574	A-G	Homo
SBS	Chr9	5670778	G-A	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	2002556	2002577	21	LOC_Os07g04530
Deletion	Chr11	2378625	2378626	1
Deletion	Chr10	4005287	4005289	2
Deletion	Chr11	5658136	5658141	5
Deletion	Chr2	8395115	8395121	6	LOC_Os02g15050
Deletion	Chr3	11249344	11249355	11
Deletion	Chr5	12102798	12102799	1
Deletion	Chr5	14971763	14971766	3
Deletion	Chr10	15235739	15235743	4
Deletion	Chr12	16489282	16489283	1
Deletion	Chr3	16566912	16566913	1
Deletion	Chr1	16637544	16637545	1
Deletion	Chr4	21532558	21532560	2
Deletion	Chr5	24342370	24342372	2
Deletion	Chr7	26171001	26521000	349999	63
Deletion	Chr2	30414705	30414706	1
Deletion	Chr4	31962421	31962422	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	24275651	24275652	2
Insertion	Chr3	10224923	10224924	2	LOC_Os03g18230
Insertion	Chr4	4268572	4268572	1
Insertion	Chr8	22554866	22554867	2
Insertion	Chr9	3843609	3843611	3

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	25740548	25845783
Inversion	Chr7	25753275	25983225	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	202840	Chr6	14437353	LOC_Os09g01240
Translocation	Chr9	202853	Chr6	14437164	LOC_Os09g01240
Translocation	Chr8	2861073	Chr1	17634409	2
Translocation	Chr6	7292234	Chr2	18076972	2
Translocation	Chr7	22897469	Chr3	11855839
Translocation	Chr6	23251200	Chr3	13645054	LOC_Os06g39160
Translocation	Chr7	23583901	Chr1	25038571	2
Translocation	Chr7	23585458	Chr1	25038602	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare