Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2219-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2219-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr10	21961886	C-T	HET
SBS	Chr10	275579	C-T	HET
SBS	Chr10	4200463	A-T	HET
SBS	Chr10	7139156	G-A	HET
SBS	Chr11	15186306	A-G	Homo
SBS	Chr11	19338756	G-A	HET
SBS	Chr11	27275445	C-T	HET
SBS	Chr11	27275452	A-G	HET
SBS	Chr12	12168040	G-A	HET
SBS	Chr12	16794517	G-A	HET
SBS	Chr12	9390808	G-A	HET
SBS	Chr2	11270492	T-C	HET
SBS	Chr2	11270502	A-T	HET
SBS	Chr2	19767925	T-C	HET
SBS	Chr2	24787000	G-T	HET
SBS	Chr2	26848475	T-C	HET
SBS	Chr3	1702122	T-G	HET
SBS	Chr3	3384042	C-T	HET
SBS	Chr3	35213458	A-G	HET
SBS	Chr3	6147830	A-G	HET
SBS	Chr4	21617795	G-A	HET
SBS	Chr4	28745359	A-T	HET
SBS	Chr4	32609337	C-A	HET
SBS	Chr4	8381330	C-A	Homo
SBS	Chr6	11327662	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g19830
SBS	Chr6	11980950	G-A	HET
SBS	Chr6	19865710	G-A	HET
SBS	Chr6	25823030	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42980
SBS	Chr6	30097281	G-T	HET
SBS	Chr6	8010069	G-A	HET
SBS	Chr7	15390164	A-T	HET
SBS	Chr7	24848609	G-A	HET
SBS	Chr7	25388916	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g42410
SBS	Chr8	20198673	C-G	HET
SBS	Chr8	20592197	T-C	HET
SBS	Chr8	25435292	T-C	HET
SBS	Chr9	11635836	G-T	HET
SBS	Chr9	21161799	G-A	HET
SBS	Chr9	4908518	A-G	HET
SBS	Chr9	9177990	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g15120

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1872608	1872846	238
Deletion	Chr10	3866510	3866511	1
Deletion	Chr5	4173891	4173897	6	LOC_Os05g07740
Deletion	Chr10	4349001	4511000	161999	28
Deletion	Chr9	7367299	7367309	10	LOC_Os09g12810
Deletion	Chr12	7632001	7698000	65999	8
Deletion	Chr1	7664434	7664454	20
Deletion	Chr2	12031001	12180000	148999	24
Deletion	Chr2	12186001	12277000	90999	11
Deletion	Chr2	14133001	14237000	103999	18
Deletion	Chr8	15994001	16007000	12999	2
Deletion	Chr4	27597886	27597887	1
Deletion	Chr3	28210451	28210453	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	13614651	13614651	1
Insertion	Chr7	16836657	16836657	1	LOC_Os07g28760
Insertion	Chr7	24854156	24854157	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	4200190	4924241
Inversion	Chr10	4352241	4519861	LOC_Os10g08030
Inversion	Chr10	4508943	4519865
Inversion	Chr3	17043910	17841514	2
Inversion	Chr3	17633821	17841524	2
Inversion	Chr3	31523365	31878391
Inversion	Chr3	31523375	31878395

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	1100864	Chr6	23611616	LOC_Os12g02970
Translocation	Chr4	2526703	Chr3	24316300	2
Translocation	Chr10	2689392	Chr2	9189896
Translocation	Chr10	4199938	Chr2	9189903
Translocation	Chr7	5740139	Chr1	10486471
Translocation	Chr3	17050603	Chr2	15405814
Translocation	Chr3	17633595	Chr2	14692352
Translocation	Chr11	19220259	Chr7	6488206
Translocation	Chr12	20153328	Chr11	14826897	2
Translocation	Chr6	23611671	Chr3	17633596
Translocation	Chr6	23612833	Chr2	14135002
Translocation	Chr4	25756816	Chr1	2816736
Translocation	Chr11	28408444	Chr9	408710	2

Main menu