Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2500 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2500 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10195131	G-A	HET
SBS	Chr1	28804740	A-T	HET
SBS	Chr1	9089141	C-A	HET
SBS	Chr1	9706696	A-T	HET
SBS	Chr10	13964139	G-A	HET
SBS	Chr10	20244847	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os10g37820
SBS	Chr10	21650102	A-C	Homo
SBS	Chr10	6669388	G-A	Homo
SBS	Chr12	10139974	T-A	HET
SBS	Chr12	7560545	C-T	HET
SBS	Chr2	12208436	C-T	Homo
SBS	Chr2	21739163	T-C	HET
SBS	Chr2	21883707	G-T	HET
SBS	Chr2	26073338	A-G	HET
SBS	Chr2	27529231	A-T	HET
SBS	Chr3	15587520	A-G	Homo
SBS	Chr3	15587527	A-C	Homo
SBS	Chr3	18041546	A-G	Homo
SBS	Chr3	23237599	T-A	Homo
SBS	Chr3	25244656	C-T	Homo
SBS	Chr3	3399365	C-T	HET
SBS	Chr3	7319418	G-A	HET
SBS	Chr4	13330457	G-A	HET
SBS	Chr4	13595589	G-A	HET
SBS	Chr4	17684521	C-A	HET
SBS	Chr4	30650849	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g51720
SBS	Chr4	31192815	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g52460
SBS	Chr4	7994026	A-G	HET
SBS	Chr5	23541874	T-A	HET
SBS	Chr5	6038440	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g10890
SBS	Chr6	11151693	G-A	HET
SBS	Chr6	21292380	A-G	HET
SBS	Chr6	22068383	A-G	HET
SBS	Chr6	23038869	C-T	HET
SBS	Chr6	24074455	A-G	HET
SBS	Chr6	27065569	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g44800
SBS	Chr6	29893504	T-A	HET
SBS	Chr7	10461287	C-A	HET
SBS	Chr7	23240295	C-T	HET
SBS	Chr7	25518323	T-C	HET
SBS	Chr7	5477897	C-G	HET
SBS	Chr8	12434533	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g20690
SBS	Chr8	13381230	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22180
SBS	Chr8	9757952	T-A	HET
SBS	Chr9	7522395	C-T	Homo

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	5178208	5178218	10
Deletion	Chr10	6821143	6821144	1
Deletion	Chr5	7110001	7205000	94999	18
Deletion	Chr8	11209419	11210414	995	LOC_Os08g18780
Deletion	Chr12	16188815	16188833	18
Deletion	Chr9	16231213	16231214	1
Deletion	Chr2	16982001	17005000	22999	2
Deletion	Chr1	30567577	30567579	2
Deletion	Chr2	35484242	35484243	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	17989059	17989059	1
Insertion	Chr12	26757684	26757689	6	LOC_Os12g43090
Insertion	Chr2	33083939	33083941	3
Insertion	Chr2	4530868	4530869	2
Insertion	Chr4	19473797	19473798	2

Inversions: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	6376855	6639301
Inversion	Chr10	6376857	6639308
Inversion	Chr5	6377352	7201870	2
Inversion	Chr7	9985172	10157097	2
Inversion	Chr7	9985180	10157100	2
Inversion	Chr11	10286857	10403590	2
Inversion	Chr11	10286871	10403601	2
Inversion	Chr8	27115755	27211343	2
Inversion	Chr8	27115757	27211341	2

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	2085577	Chr1	27847924
Translocation	Chr9	4108822	Chr3	24004088
Translocation	Chr12	24160403	Chr3	8413587	2
Translocation	Chr11	28245315	Chr8	13852230

Main menu