Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2531-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2531-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13987804	T-A	Homo
SBS	Chr1	17894348	T-C	HET
SBS	Chr1	19472528	G-T	HET
SBS	Chr1	21781736	C-T	HET
SBS	Chr1	42444535	A-T	HET
SBS	Chr1	9367653	G-C	HET
SBS	Chr10	5946938	T-A	HET
SBS	Chr10	8620937	C-A	HET
SBS	Chr11	17294588	T-C	HET
SBS	Chr11	18801668	G-A	HET
SBS	Chr12	10333541	C-A	HET
SBS	Chr12	13317760	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23530
SBS	Chr12	16232356	C-T	HET
SBS	Chr12	20683832	T-C	HET
SBS	Chr12	23417069	C-A	HET
SBS	Chr12	4656568	T-A	HET
SBS	Chr12	4656569	T-A	HET
SBS	Chr12	7225046	C-T	HET
SBS	Chr2	26007086	C-T	HET
SBS	Chr2	28011188	G-A	HET
SBS	Chr2	30953152	T-G	HET
SBS	Chr2	31476248	A-T	HET
SBS	Chr2	35260751	T-C	HET
SBS	Chr3	19005267	C-G	HET
SBS	Chr3	24571688	C-T	Homo
SBS	Chr3	3076618	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g06139
SBS	Chr3	3076619	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g06139
SBS	Chr3	4941281	C-T	HET
SBS	Chr4	10292766	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18610
SBS	Chr4	18295007	G-A	HET
SBS	Chr4	24972508	G-T	HET
SBS	Chr4	2769758	T-C	HET
SBS	Chr4	29327638	G-A	HET
SBS	Chr4	33361832	C-A	HET
SBS	Chr5	18054708	T-A	HET
SBS	Chr5	20069064	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g33990
SBS	Chr5	23572057	A-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os05g40120
SBS	Chr5	6586610	C-T	HET
SBS	Chr6	11035476	A-G	HET
SBS	Chr6	20447878	C-T	HET
SBS	Chr6	23321809	G-A	HET
SBS	Chr6	28725432	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47410
SBS	Chr6	5562925	T-C	HET
SBS	Chr6	7822655	A-G	HET
SBS	Chr7	20966750	T-A	HET
SBS	Chr7	23263442	T-C	HET
SBS	Chr7	26804185	G-T	Homo
SBS	Chr7	4716089	C-G	Homo
SBS	Chr8	5484824	T-A	HET
SBS	Chr8	9747302	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g16000
SBS	Chr9	1532733	G-A	HET
SBS	Chr9	6318875	T-C	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	2511522	2511529	7	LOC_Os12g05490
Deletion	Chr1	5764001	6162000	397999	57
Deletion	Chr7	6154911	6154933	22
Deletion	Chr1	6166001	6276000	109999	14
Deletion	Chr11	8582340	8582341	1
Deletion	Chr10	10388585	10388595	10
Deletion	Chr1	13435001	13739000	303999	46
Deletion	Chr3	14986928	14986929	1
Deletion	Chr2	15401597	15401607	10
Deletion	Chr11	15876188	15876203	15
Deletion	Chr10	20553548	20553549	1
Deletion	Chr3	24424899	24424900	1
Deletion	Chr2	25690118	25690132	14	LOC_Os02g42720

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	16889877	16889878	2
Insertion	Chr2	30953139	30953140	2
Insertion	Chr4	2102917	2102918	2
Insertion	Chr7	6945344	6945344	1

No Inversion

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	3360739	Chr6	7698605	2
Translocation	Chr12	6808362	Chr11	13095610

Main menu