Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2540-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2540-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12013243	C-T	HET
SBS	Chr1	2258601	A-G	HET
SBS	Chr1	2922041	A-G	Homo
SBS	Chr1	6442797	G-A	Homo
SBS	Chr10	16488963	T-A	HET
SBS	Chr10	1678099	A-G	Homo
SBS	Chr10	22510643	C-T	HET
SBS	Chr10	6125388	C-T	Homo
SBS	Chr11	23795746	G-A	HET
SBS	Chr11	26917545	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g44500
SBS	Chr11	3019607	C-T	Homo
SBS	Chr11	5306265	T-G	HET
SBS	Chr11	6252719	C-T	Homo
SBS	Chr12	1118422	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g03000
SBS	Chr12	12612167	T-G	HET
SBS	Chr12	24609490	C-T	HET
SBS	Chr12	24921888	G-T	HET
SBS	Chr2	3392122	A-G	HET
SBS	Chr2	5455761	G-A	HET
SBS	Chr2	6435676	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g12360
SBS	Chr2	7132079	G-T	HET
SBS	Chr3	19102785	G-T	Homo
SBS	Chr3	31095530	T-A	HET
SBS	Chr3	6100962	T-C	HET
SBS	Chr3	8848736	C-T	HET
SBS	Chr4	12492036	T-C	HET
SBS	Chr4	15388901	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26380
SBS	Chr4	15922993	G-T	HET
SBS	Chr4	17336572	C-T	Homo
SBS	Chr4	2523975	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g05104
SBS	Chr5	14776518	G-A	HET
SBS	Chr5	3216183	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g06290
SBS	Chr5	9376747	T-A	HET
SBS	Chr6	13857441	T-C	HET
SBS	Chr6	13857442	T-A	HET
SBS	Chr6	1684486	C-A	Homo
SBS	Chr6	8148031	T-C	HET
SBS	Chr6	9792388	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g16890
SBS	Chr7	10464944	G-A	HET
SBS	Chr7	13633802	C-A	HET
SBS	Chr7	8563563	A-G	HET
SBS	Chr7	9866506	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16810
SBS	Chr8	23494056	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g37180
SBS	Chr9	10149997	A-C	Homo
SBS	Chr9	20255881	C-T	HET
SBS	Chr9	8755341	C-A	HET
SBS	Chr9	8755342	C-T	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	5248533	5248541	8
Deletion	Chr12	5612246	5612251	5	LOC_Os12g10570
Deletion	Chr5	7567508	7567523	15
Deletion	Chr5	7828412	7828439	27
Deletion	Chr6	8832782	8832788	6
Deletion	Chr8	9223071	9223074	3
Deletion	Chr5	13132876	13132880	4	LOC_Os05g23030
Deletion	Chr3	13452684	13452706	22
Deletion	Chr1	16545929	16545930	1
Deletion	Chr4	17157001	17205000	47999	8
Deletion	Chr4	17210001	17289000	78999	10
Deletion	Chr7	18969818	18969820	2
Deletion	Chr6	19413931	19413941	10
Deletion	Chr3	21602979	21603006	27
Deletion	Chr1	25023643	25023658	15

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	12834032	12834033	2
Insertion	Chr4	15065348	15065348	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	30640429	30640587

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	155198	Chr1	5547586	LOC_Os03g01240
Translocation	Chr3	155782	Chr1	5547624	LOC_Os03g01240
Translocation	Chr8	1578727	Chr4	6811822	LOC_Os08g03370
Translocation	Chr8	1578728	Chr4	6812774	LOC_Os08g03370
Translocation	Chr9	4757267	Chr4	1178866
Translocation	Chr6	21657463	Chr4	17923880	LOC_Os06g36770
Translocation	Chr12	22800140	Chr9	4757324	LOC_Os12g37180

Main menu